小蓝企鹅的物种学史
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1781年，德国自然学家约翰·雷茵霍尔德·福斯特（Johann Reinhold Forster）首度对小蓝企鹅进行描述。根据该记录，小蓝企鹅有几个不同的亚种，但对于其更精确分类法的争执仍不断。白鳍企鹅有时被视为小蓝企鹅的亚种之一，有时被视作另一的物种，有些人甚至会用生物的多态性来解释白鳍企鹅的存在，毕竟澳大利亚和南岛西部的小蓝企鹅看起来也像是两个截然不同的物种。
粒线体和细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，Eudyptula和Spheniscus属约在2,500万年前开始分叉，而白鳍企鹅和小蓝企鹅的祖先则约在270万年前开始分叉。根据IOC的最新分类结果，仍将白鳍企作为小蓝企鹅的一个亚种。
