与自然分娩相比，剖腹产新生儿的免疫力及抗感染能力相对较差。研究发现，剖腹产新生儿的脐血中，免疫球蛋白含量比自然分娩的新生儿要低，能抗病的抗体含量更低。所以，剖腹产的新生儿更易感染疾病。
剖腹产的孩子较顺产的孩子更容易患上湿肺，由于孩子未经产道挤压，有三分之一的胎肺液不能排出，出生后有的不能自主呼吸，即患上所谓的“湿肺”。而顺产分娩方式可以让母体子宫收缩，经阴道出生可助婴儿把肺部积水挤压出肺外。因此，相对来说，顺产分娩的孩子肺部的发育较好。剖腹产的孩子还容易患上哮喘，有调查显示，剖腹产孩子患哮喘的几率比正常顺产的孩子高80%。
剖腹产的孩子，因产道的改变，使孩子降临人世时的自然环境发生变化，正常产道生产过程带来的神经接触等感觉缺失，从而使孩子在成长过程中易患多动等神经精神疾病，在日后容易发生“感觉统合失调”。
儿童感统失调是指儿童大脑对人体各种感觉器官如眼、耳、皮肤等传来的感觉信息不能很好地进行分析和综合处理，造成整个身体不能和谐有效地运作，表现为好动、丢三落四、读书常漏字串行、上课注意力不集中、与人交往能力差等。
现在很多父母感觉自己的孩子特别好动，精神难以集中，实际上就是感觉统合失调的一种症状。虽然目前业界并没有研究出儿童感统失调的明确原因，但发病儿童的逐渐增多和现在越来越高的剖腹产率不无关系。因为从临床经验看，在多动症儿童中，剖腹产的孩子占到了七八成。
专家指出，不仅剖腹产的孩子出生后会存在这样那样的问题，剖腹产对产妇的影响也是巨大的，因此产妇应尽量选择自然分娩，这对产妇的健康和孩子的生长发育都是有利的。