南通珠算博物馆一共有四个展厅，分别是史海揽要厅、专题选萃厅、算盘精品厅、紫檀算盘厅。
一.史海揽要厅
从珠算的萌芽、形成、发展、成熟、普及五个阶段展示了中国珠算的发展历程，让观众在时空的嬗变中，感受中国珠算的悠久历程与深厚底蕴。
二.专题选萃厅
1、通商惠工展区：展示了珠算在促进经济发展、推动社会进步方面发挥的重要作用。
2、涉海渡洋展区：再现了中国珠算传播到世界各地的过程及对世界文化的影响。
3、继往开来展区：表现的是新中国成立以后党和国家领导人对珠算事业的高度重视，以及中国珠算协会的建立推动了珠算事业的蓬勃发展。
4、薪传火继展区：对中国珠算教育的历史回顾与展望。
三.算盘精品厅
荟萃了古今中外各种算盘精品，让大家感受到珠算文化的博大精深。
四.紫檀算盘厅
造型古朴、结构独特的巨型紫檀算盘，集算盘制作和紫檀工艺于一身，无不向世人彰显着中国传统文化的灿烂与辉煌。
市民可按照自己的喜好或游览顺序逐次参观。