医学家发现，苦瓜中含有一种有避孕作用的物质，大量食用可导致不孕或胎儿畸形。此外，鲜苦瓜汁中还含有较强的抗生育活性的植物蛋白，动物实验证明，该蛋白有抗精子正常发育的作用，使受孕率降低。
生吃苦瓜减肥不科学苦瓜营养丰富，其中维生素C的含量居瓜类蔬菜之首，且糖和脂肪的含量都非常低，比较适合肥胖者食用。但是，单靠大量生吃苦瓜来减肥的方法不仅是不科学的，而且还有一定的健康隐患。研究表明，苦瓜具有降低胆固醇和甘油三酯的作用，适合高血脂患者食用，但并不等同于苦瓜具有减肥的功效，因为肥胖和高血脂并不完全是一回事。相反，研究还发现，苦瓜具有妨碍脂肪分解的作用。可见，每天生吃2—3根苦瓜是不能清除身上多余的脂肪的。
三类人不宜吃苦瓜1、脾胃虚寒者不宜多食和生食苦瓜廖辉提醒，苦瓜是寒凉之品，平素大便溏稀、小便清长、纳差怕冷、面色恍白、舌淡脉沉的人大多体虚阳气不足或素体脾胃虚寒，这类人群不宜常吃苦瓜，否则容易出现胃脘不适、腹胀腹痛，甚至呕吐、腹泻等症状。
2、孕妇应慎食苦瓜苦瓜含有奎宁，食用过量可刺激子宫收缩，造成流产。
3、学龄前儿童不宜过食苦瓜小儿为纯阳之体，胃常有余，脾常不足;加之孩子们的自控能力又差，所以过食苦瓜易伤脾胃。