未领结婚证分居后，孩子的抚养权应该由其父母双方协商确定，不能协商一致的可以请求法院判决。如果孩子没有满两周岁，那法院一般会判给女方抚养，因为此时的孩子更需要母亲的照顾。
法律依据:
《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。