公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送。人民法院作出的判决，应当对查封、扣押、冻结的财物及其孳息作出处理。人民法院作出的判决生效以后，有关机关应当根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。司法工作人员贪污、挪用或者私自处理查封、扣押、冻结的财物及其孳息的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，给予处分。
一、违法所得的追缴和退赔原则
侦查机关在办理非法集资案件中，为了最大限度的挽回损失，往往在第一时间将涉案公司、犯罪嫌疑人的全部财产查封、扣押、冻结，并没有将犯罪分子的合法财产和涉案的赃款、赃物进行区分。
但是当刑事案件进入了审判阶段，法院对在案查封、扣押、冻结的财物进行处理时，就必须按照最高人民法院《新刑事诉讼法解释》第三百六十四条规定，调查财物的权属情况。
《新刑事诉讼法解释》第三百六十六条、三百六十九条规定，查封、扣押、冻结的财物，确属违法所得或者依法应当追缴的其他涉案财物的，应当判决返还被害人或者没收上缴国库，判决返还被害人但其没有认领的财物应上缴国库；属于被告人合法所有的，应当在赔偿被害人损失，执行财产刑后及时返还被告人。
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二、敲诈勒索等获得的赃款的处理办法
对于赃款赃物，除依法返还被害人的财物以及依法销毁的违禁品外，必须一律上缴国库。任何单位和个人都不得挪用或者私自处理。关于赃款赃物的处理，应当按照规定执行，并应当根据不同情况作以下处理：
(一)对作为证据使用的实物，应当依法随案移送。对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送，不得以未移送赃款赃物为由，拒绝受理案件。
(二)侦查机关冻结在金融机构的赃款，应当向人民法院随案移送该金融机构出具的证明文件，待人民法院作出生效判决后，由人民法院通知该金融机构上缴国库，该金融机构应当向人民法院送交执行回单。
(三)查封、扣押的赃款赃物，对依法不移送的，应当随案移送证据清单、照片或者其他证明文件，待人民法院作出生效判决后，由人民法院通知查封、扣押机关上缴国库，查封、扣押机关应当向人民法院送交执行回单。
国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，适用有关公安机关的规定。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百四十五条公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送。人民法院作出的判决，应当对查封、扣押、冻结的财物及其孳息作出处理。人民法院作出的判决生效以后，有关机关应当根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。司法工作人员贪污、挪用或者私自处理查封、扣押、冻结的财物及其孳息的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，给予处分。