农合二次报销比例各地略有不同。 通常情况下，新农合患者在镇级医院住院治疗起付线为100元/人次，报销比例是合规费用的100%; 市内县级定点二级医院住院治疗起付线600元/人次，报销比例为80%; 市内市级定点二级医院住院治疗起付线1000元/人次，报销比例为70%; 市内市级三级定点医院住院治疗起付线1800元/人次，报销比例为60%; 省级三级定点医院住院治疗起付线3000元/人次，报销比例为55%; 省级二级定点医院住院治疗起付线2000元/人次，报销比例为65%; 市内定点民营医院报销比例比照市级二级定点医院报销比例下降5个百分点，在市内未定点医院报销比例比照市级定点医院报销比例下降10个百分点，起付线不变。 《中华人民共和国 社会保险法 》第三十条 下列 医疗费用 不纳入基本 医疗保险 基金支付范围: (一)应当从 工伤保险 基金中支付的; (二)应当由第三人负担的; (三)应当由公共卫生负担的; (四)在境外就医的。 医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。