我们今天所见到的崇圣寺，是在原来的基础上恢复重建的。恢复重建后，整体布局为主次三轴线，分8台、9进、11层次。在主中轴线上，依次建有蛮王礼佛图、十六国王众朝大事石雕照壁、大鹏金翅鸟、山门、天王殿、望海楼等，中轴线两旁和次轴线上错落有致的建有：方丈堂、客堂、罗汉堂、祖师殿等展示了历代经典建筑的精华。整个建筑群跌宕起伏，错落有致，金碧辉煌，大气磅礴。
三塔是崇圣寺前的一组建筑群，所以三塔又名三塔寺，也就是我国明代旅行家徐霞客在《滇游日记》中所写的三塔寺和现代武侠小说大师金庸在《天龙八部》中所写的“天龙寺”。三塔在《徐霞客游记》中记载：“寺在第十峰之下，唐开元中建，名崇圣。寺前三塔鼎立，而中塔最高，形方，累十二层，故今名为三塔。”
崇圣寺三塔，由一大二小组成。大塔又叫千寻塔，千寻塔与南北两个小塔的距离都是70米，两小塔相距97.5米，成鼎足之势，布局统一，造型和谐，浑然一体。