蜂疗在治疗过程中不但要选择合适的蜂种，并要根据疾病的虚实证候，酌情使用不同的腧穴，合理掌握蜂针量的多少、蜂针治疗次数的频度和疗程等，才能达到蜂针治疗的效果。
(一)近部选穴
此法是指在病痛的局部和邻近部位取穴，起到活血通络、散瘀止痛的作用。阿是穴，即痛点的应用，是近部取穴的典型方法，主要适用于局部症状比较显著的病症或体表部位明显的症状。如：四肢关节等处的风湿痛、肌萎缩，瘫痪等;如耳聋耳鸣，取耳周围诸穴;膝关节痛，取膝眼、阳陵泉;腹痛，取天枢、中脘、气海;痛经病人，用归来、次谬等穴。蜂针疗法的局部治疗作用较明显，故此民间朴素的蜂针治疗中，很大程度是采取了该取穴法。
(二)远部取穴
此法是取离病变较远的部位，根据阴阳、脏腑、经络学说取穴，以达到通调经脉气血，调和脏腑功能的目的。
1.循经取穴 可用本经取穴法，即某经有病取某经的腧穴治疗;某脏腑有病取该脏腑相属相络的经脉腧穴治疗。如：胃痛取足三里(胃经);颈项痛用后溪(小肠经)或悬钟穴(胆经);腰背痛取委中穴(膀胱经)。还可用异经取穴法，可用前后配穴法、上下配穴法、左右配穴法、表里配穴法、远近配穴法、原络配穴法等。如咳嗽、哮喘(肺经病)，取大肠经的合谷与肺经的尺泽(表里配穴法);胃痛(胃经病)，取心包经的内关穴与脾经的络穴公孙治疗(上下配穴法，或八脉交会穴配穴)，这对胃阴不足为主的慢性浅表性胃炎效果比取足三里还好。
2.同名经取穴 即同取同样名称手或足的经脉。如：胃火上炎之牙痛(足阳明胃经病)，取手阳明大肠经的合谷穴、胃经的内庭穴，可泻火止牙痛(两穴均为阳明经穴而为同名经)。足厥阴肝经有病引起的胸满气逆，取手厥阴心包经的内关穴，配合足厥阴肝经的太冲穴以疏肝理气(两穴同为厥阴经穴)。
(三)随证选穴
这是针对病者全身性的疾病或症状，结合腧穴的特殊作用和医生本人的经验而使用的一种选穴方法，又叫“经验选穴”，“辨证选穴”。如：足三里穴，凡诸虚证，均可取之。又如：治发热可用大椎穴;所有关节筋脉疾病，均可用阳陵泉穴;鼻塞鼻炎等症，可用飞扬穴;头晕目眩等证，可用太冲穴等。
(四)按神经节段分布取穴
凡是以神经科病名作为诊断的均可参此项作为取穴原则，以提高疗效。神经系统疾病是蜂毒疗法的适应证，如颈椎病，取天柱、百劳、大杼-“颈三针”;如截瘫(痿证)，患者是在第1腰椎截瘫的，取第11、12胸椎，第2-3腰椎，以及相应的夹脊穴;面神经炎病人取翳风穴;三叉神经痛取下关穴等，往往可取得良好效果。
(五)按时取穴法
根据时辰选穴的方法，即子午流注法中的纳甲法、纳子法、养子法、灵龟八法、飞腾八法等。这些方法是利用经穴中的特定腧穴，即五输穴、原穴、络穴、八脉交会穴等，通过不同的时间进行不同的选穴进行治疗。该法受一定时间的限制，如夜晚开穴则不方便蜂针治疗，所以有的人用一定变通的时间选穴。
管遵惠分别应用子午流注蜂针经穴疗法、蜂针经穴疗法.蜂毒穴位注射法治疗痹证，结果提示：3种疗法的总有效率之间无明显差异;但子午流注蜂针经穴疗法的治疗愈显效率明显高于蜂针经穴疗法和蜂毒穴位注射法(P<0.01)。说明子午流注蜂针经穴疗法由于顺应了人体气血盛衰开阖的规律，更有效地发挥了蜂毒的治疗作用，故能提高临床疗效。