事业单位病假扣绩效工资不违法。病假期间，由于劳动者无法正常履行职能义务，故工资并非按实计发，采取按照一定的标准进行支付，绩效工资与考核结果相关。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》
第五条
企业职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》
第五十九条
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80_。