记账凭证编号的方法有多种，一种是将财会部门内的全部记账凭证作为一类统一编号，编为记字第××号;一种是分别按现金和银行存款收入、现金和银行存款付出以及转账业务三类进行编号，分别编为收字第××号、付字第××号、转字第××号;还有一种是按现金收入、现金付出、银行存款收入、银行存款讨出和转账五类进行编号，分别编为现收字第××号、现付字第××号、银收字第××号、银付字第××号、转字第××号。当月记账凭证的编号，可以在填写记账凭证的当日填写，也可以在月末或装订凭证时填写。记账凭证无论是统一编号还是分类编号，均应分月份按自然数字顺序连续编号。通常，一张记账凭证编一个号，不得跳号、重号。
业务量大的单位，可使用“记账凭证编号单”、按照本单位记账凭证编号的方法，事先在编号单上印满顺序号、编号时用一个销一个，由制证人注销，在装订凭证时将编号单附上，使记账凭证的编号和张数一目了然，方便查考。
复杂的会计事项，需要填制二张或二张以上的记账凭证时，应编写分号，即在原编记账凭证号码后面用分数的形式表示，如第8号记账凭证需要填制二张记账凭证，则第一张编号为8(1/2)，第二张编号为8(2/2)。