法院处理回避申请的方式：对于审判人员、检察人员、侦查人员的回避应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定；对院长的回避，由本院审判委员会决定；对检察长和公安机关负责人的回避，由同级人民检察院检察委员会决定。并且对驳回申请回避的决定，当事人及其法定代理人还可以申请复议一次。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第二十九条
审判人员、检察人员、侦查人员有下列情形之一的，应当自行回避，当事人及其法定代理人也有权要求他们回避：
（一）是本案的当事人或者是当事人的近亲属的；
（二）本人或者他的近亲属和本案有利害关系的；
（三）担任过本案的证人、鉴定人、辩护人、诉讼代理人的；
（四）与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的。