可以去申请劳动仲裁，与总公司签订劳动合同，应该以总公司为被申请人申请劳动仲裁，但可以将分公司列为第三人。
职工与总公司签订了劳动合同的，用人单位应是总公司，劳动者与总公司间存在劳动合同关系，如果发生劳动争议申请劳动仲裁的，应该以签订了劳动合同的用人单位(即总公司)作为被申请人。
如果与总公司签订了合同，但实际在分公司上班的，实际上属于由总公司安排到分公司工作，但这并不会影响到职工和总公司间的劳动合同关系。但因分公司可能与本案的处理有一定的利害关系，故职工在申请劳动仲裁时，也可以将分公司列为第三人。
一、分公司与总公司有哪些联系？
总公司管理分公司，对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利，具有法人资格，可以单独承担民事责任。分公司是与总公司相对应的法律概念，是指在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。分公司在法律、经济上没有单独性，属于总公司的附属机构。
(1)分公司没有自己的单独财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。
(2)分公司不具有法人资格，不单独承担民事责任。
(3)分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。
(4)分公司没有自己的公司章程，没有董事会等公司经营决策机构。
(5)分公司名称为总公司名称后加分公司字样，其名称中虽有公司字样，但不是真正意义上的公司。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容