计算逾期支付购房款的违约金的方式：按照当事人约定的违约金的比例来计算，但当事人约定的比例不能超过实际损失的百分之三十；如果当事人没有约定的，则根据实际损失来合理地确定。
【法律依据】
《民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十二条
当事人以约定的违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过造成的损失30％为标准适当减少；当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金数额。
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