法律分析：公司不是国家机关，无权处罚员工。公交公司处罚司机，从工资中扣罚款，是违法行为。如果司机违章行驶，公司可以对其进行纪律处分，如给予通报批评，直至解除劳动合同的处分。除了劳动者给用人单位造成经济损失外，用人单位不得对员工进行处罚的，符合处罚条件的，每月扣除的处罚不能超过工资的20%。
法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》 第十五条 行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。
《中华人民共和国工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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