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世代方差的遗传分析(续)

2022-09-01 来源:年旅网
世代方差的遗传分析(续)

莫惠栋

A Genetic Analysis for Generation Variances (Continued)

三、方差估值的利用

方差是群体的重要特征之一。在遗传理论和育种实践上,都可由之得到一些重要的科学信息。以下列述几个重要方面:

(一)显性势估计

在《世代平均数的遗传分析》一文中,我们曾论及,hd是度

量显性程度的;但推广于多基因系统时,势能比[h][d]并不能说明任一位点基因的显性性质。但是

d和h都可因有正有负而相消,除非两个亲本分别集中了所有增效和减效等

d2位基因。但是,和

h2都是加性效应和显性效应的“积累”,不会产生正、负相消。

设有k对等位基因,d1d2dkd和h1h2hkh,则:

HDhd2i2ih d (18)

所以,HD是可以直接度量多基因系统的显性程度的。要是did,hih,则HD亦将是多基因平均显性程度的度量。

一般称HD为显性度(degree of average dominance)或显性势(dominant potential)。对HD取算术根,当HD0为无显性(只有加性),0HD1为部分显性或

HD1为完全显性,HD1为超显性。如表3的茄红素例,可得

不完全显性,ˆDˆ1.63723.00680.7379,为部分显性。同时从平均数可看出是显性方向是朝H小值亲本的,为负向部分显性。

(二)最小基因数估计

设:(1)两纯合亲本P1和P2分别为联合态,即分别集中了

决定某一性状的全部增效和减效等位基因;(2)各等位基因具相等效应。即

d1d2dkd;(3)无连锁和上位性作用。则P1P2kd(kd)2kd,

1222(P1P2)kd[d],Ddkd(这是将两亲本看成是一个异质纯合群体,取两

亲本的平均数作为该群体的平均数;勿与前述单一亲本相混淆),并有:

11P2)2(PD2d(kd)2k 2Dkd2 (19)

(19)的k为最小基因数(minimum number of genes)或有效因子数(number of effective

factors),即被研究的性状至少受k对等位基因控制。

ˆ3.0068,1(PP)1(8.7115.466)13.2451.6225,以茄红素含量为例,D12222(1.6225)2故,k0.8755

3.0068(19)的k之所以为最小,是由于前述三个假定的任何一个,如未能满足,估计的k值降低;(1)若两纯合亲本的有关等位基因为某种程度的分散态,则(19)分子的[d]变小,

从而低估了k。例如,若两亲本为

AABBCC3,3,3(联合态),则[d]9,

aabbcc3,3,392AABBcc3,3,3(分散态),则3,估计正确;若两亲本为D3327,kaabbCC3,3,3272[d]3,D27,k32270.33,大大低估了k;若有关增效、减效等位基因在两亲本中

均匀分散,如出来。

(2)若各基因效应不相等,即did,则

22,从而使(19)的分母D变大而低dkdi1kAABBccdd3,3,3,3,则k0,真实基因数根本不能由(19)估计

aabbCCDD3,3,3,3估了k。例如,若两纯合亲本为

2,2,22222,则[d]6,Ddi32114,

2,2,2k62/142.57,低估了k。(3)若两个或更多个基因完全连锁,则在估计k时,只能分

辨为一个分离单位(因此缘故,k又称为有效因子数),即k1;若有部分交换,则所得k值也不会比1大多少。一般由(19)而得的k值都不会超过该物种的染色体对数,尽管在精密控制的细胞学实验中,可证明某些数量性状的实际基因数比染色体对数还多得多。所以连锁显然也是影响(19)应用的一个原因。至于上位性效应,因其存在影响对于D的无偏估计,故进而使k得估计有偏。

有效因子数的估计,对于预期分离世代的群体特征(如纯合体和杂合体的比率等)和确定分离世代的群体大小,都是有参考意义的。实际应用时的最关键问题,是要使两个纯合亲本在被研究性状上尽可能是最极端的,即满足上述的第一个假定。由此而得的最小基因数,虽仍然未能排除基因效应不等、连锁等的干扰,但可能是最渐进于实际基因数的。

较早期文献对于k的估计常应用公式:

22(P(P1P2)1P2)k 2228(F2pF2e)8F2g (20)

(20)的依据为:k对杂合等位基因在F2代的分布为(pq),共2k1组,具方差:

F221g2kpq2k(122)k2

2k假定以无量纲1为一个基因替代效应单位,则(P1P2)为2个单位时(一对等位基因)有3组,4个单位时,4个单位时(两对等位基因)有5组,„„,k个单位时有2k1组。于是有:

F22g2(P1P2)k2 2(2k)2F22)g,

(上式移项即得到(20)。而(19)式,当由F2估计时,我们知道F2d1即D22D,

故亦可写成:

222[1(P1(P1P2)]2(P1P2)1P2)k 22D42(F2d)8(F2d)将之与(20)相比较,可见其差异仅是以F2d代F2g。当显性存在时,(20)显然是更加低估了k。

(三)实施选择的合适世代估计 选择是品种改良的基本手段之一。但对自交作物的世代群体而言,只有加性变异才能产生选择响应,并为选择所固定(在无性系,则任何遗传变异都能为选择固定)。因此,要提高对数量性状的选择效率,一是要采取有效措施减少环境误差(非遗传变异);二是要在一个性状上的加性方差已在遗传变异中起作用时,才进行该性状的选择,以避免在陆续消失的显性变异上消耗无益的劳动。

设性状的遗传力为加性—显性模型,则由(12)可知,要求加性方差占遗传方差的比率达到和超过某一定值的世代Ft应满足不等式:

22

2t11t1D2 t1212t11t1Dt1H24lgHD(1)lg21 

(21)

解上式可得:t因此,将H和D的估值和要求的值代入(21),即可估计t。(21)中的值,作者建议可用0.90或0.95(即加性方差占遗传方差的90%和95%)。因为,值太小,不能固定的显性变异干扰较大;值太大,则进行选择的世代太迟,群体容量变大。0.90和0.95可

ˆ1.6372,Dˆ3.0063,若以能是互有兼顾而比较折中的值。如表3的茄红素例,已得H0.90和0.95代入(21)即得:

lg1.63720.93.0068(10.9)ˆt13.293lg2lg1.63720.953.0068(10.95)ˆt14.371lg2

这是说,在F4和F3代,茄红素的加性方差占遗传方差的比率已分别超过90%和95%,已是对之进行选择的时机。

(四)遗传力估计

2遗传方差占表型方差的比率定义为广义遗传力(broad sense or

broad heritability),记作hB:

222hBgp

2 (22)

加性方差占表型方差的比率则定义为狭义遗传力( narrow heritability ),记作hN:

222hNdp

2 (23)

1ˆ1ˆ1如表3茄红素例,可得F2g12D2H2(3.0068)2(1.6372)1.9127, 2221ˆˆˆˆD1.5034,FdFpFgEF2.2037。因而有: 22222

2hB1.91272.20370.8679h1.50342.20370.68222N

这说明在F2代,茄红素含量的遗传方差占表型方差的86.79%,加性方差占表型方差的68.22%。

遗传力的直接意义是反映一个育种群体的选择潜力。h0,表明群体不存在遗传变

2异(同质群体),选择无效;h1,则表明一切可见变异都是由遗传原因造成(e0),

22选择达全效。所以,选择的效率将与遗传力值成正比。所谓“遗传力即一个性状的遗传传递力:,乃是一种想当然的误解。

另一个与遗传力意义有些类似的统计数成为遗传变异系数(GCV),但它不是方差之比,而是标准差与平均数之比:

ˆgmˆGCV100或

ˆdmˆ 100 (24)

它表示了一个群体的遗传部分或加性遗传部分的相对变异。GCV愈大,则选择潜力愈大,

愈可能从该群体中选出偏离平均数大的单株或类型。例如,设一群体某一性状的GCV20,则表明如对该性状进行选择,可期望获得比群体平均数大40%或小40%的单株或类型(如果群体有足够大的话),其概率约0.025。若GCV5,则极端单株或类型仅可能比平均数

ˆg和ˆd的选用,则应大10%或小10%。这种期望是以正态分布为基础的。至于(24)中ˆg;视群体性质而定。当群体的一切遗传变异皆为可固定时(如无性系和异质纯合群体)应用当显性变异不能固定时(如自交作物杂交后的分离世

表4 选择系数f和uf、(uf)、k

的对应关系(据正态分布)

ˆd。 代)应用遗传力的一个引申应用,是预期育种群体的选择响应,即遗传进度。设一群体的某性状为N(m,),则在其中选择最大值单株时,当选群体平均数m与原群体平均数m的离差,称为选择差(selection differential),记作i(mm)。i的标准化值称为标准选择差,记作

'2pf

0.50 0.40 0.30 0.20 0.10 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01

uf

0.0000 0.2533 0.5244 0.8416 1.2815 1.6448 1.7507 1.8808 2.0537 2.3263

(uf)

0.3989 0.3864 0.3477 0.2799 0.1754 0.1032 0.0862 0.0680 0.0484 0.0267

k

0.80 .97 1.16 1.40 1.75 2.06 2.15 2.27 2.42 2.64

'k(ip)。根据正态分布特性,此k值是选择分数或

选择强度(selection fraction or intensity)f的函数,即:

k(uf)Puuf(uf)f

(25)

(25)中的u是正态标准离差,uf是右尾面积为f的临界值,(uf)为uf点上的概率密度函数,fPuuf。因此,育种家确定f,即可由(25)得k。例如,若准备选择10%的极端大值个体(f0.1),因为正态累积函数F(u1.2815)0.1,故uf1.2815

2)中选择10%大值(1.2815)0.1754,k0.17540.11.75。其意义是,若在N(m,p个体,则必m大1.2815p的个体全部当选;这些当选个体的平均数m将比m大1.75p。如选择小值个体,则只要将上述的“大”改为“小”即可。表4列出了与各种f相对应的uf,

'(uf)和k,可供查用。据之,育种家确定选择选择强度f,即可得到选择差:(确定f可

得k,乘以p得i(实际选择差)或选择响应(response of selection)

ikp

'

' (26)

当选群体的后裔平均数记为mo,它与原群体平均数m的离差(mom)称为选择进度,记作

G或GS。它是对原群体以强度为f施加一次选择的相应。由于遗传力是能对选择起反映

的遗传变异对表型变异的比例,故显然有:

Gih2kph2

(27)

2(27)中的h一般用hN,这时GihkdhN;但在自交作物的高世代或无性系,宜2用hB,这时GihkghB。

222(27)是一个很有用的基本公式。它说明,为获得大的G,首先要有较大的h值,若h0,则选择无效,而h则是可以通过扩大遗传变异和减少环境方差来改进的。其次要有较大的群体容量,以增大i或k(使用较小的f)。当选择响应不理想时,也可用(27)来检查原因:是群体太小限制了k或p的提高呢?还是h太低?

2222ˆ3.0068,Hˆ1.6372;在F代的以表3茄红素含量资料为例,前已得到D2F222ˆd12D1.5034,hN0.6822。因此,若在F2代选择5%(f0.05)高含量单株,则

预期其后裔(F3)的遗传进度为:

G2.061.50340.68222.086(mg/100g)

即比F2群体平均数提高2.086(mg/100g)。若在F4代选择5%高含量单株,则因

F42227ˆ7ˆˆ2.6310,ˆˆd7DDH2.63100.17910.25433.0644,FpFe8864442hN2.63103.06440.8586,故:

G2.062.63100.85863.096(mg/100g)

22ˆ皆提高了。所以,在ˆd和h这里为涉及群体大小。在F4代的选择效果优于F2代,是由于N选择强度一定时,若h和p皆大,G将大大提高。而群体若趋于同质,则G也趋于0。

遗传进度也常以相对数表示,它是遗传进度对原群体平均数的比率,记作RGS:

2RGS100Gm

(28)

在实践上有时还应用实现遗传力(realized heritability),它是从实际结果反推的遗传力。

'因已知(mom)(实际的G)和mm(实际的i)。故据(27)可有:

'h2Gi(m0m)(m'm)

' (29)

(29)是不通过方差分解而得的,在动物方面用得多一些。

遗传力的概念在数量遗传和育种实践上已有广泛应用。但有一些问题是值得特别注意的:

(1)遗传力的组成元素p、g和d都是会随群体、世代和实验设计而变化的。同一

222性状在不同世代、不同杂交组合有不同的遗传力,同一世代的不同性状当然也有不同的遗传力。所以,任一种遗传力都是特定群体的遗传力。不能将一群体的遗传力估计搬用于另一群体,除非有根据说明它们的遗传力确是近似的。如果为了研究某一性状的一般遗传力,则试验材料必须是被研究总体的随机样本,其效应应为随机型。固定型材料是不易获得一般遗传力的正确估计,它们适于作配合力或育种分析。

(2)遗传力是和育种上的选择直接相联系的概念。因此,遗传力的计算,必须和选择单位以及可能对选择发生响应的那一部份遗传变异相应。例如,在单株选择时,遗传力的分

22母应为pge;若以容量为n进行集团(小区、品系等)选择,则pg222212e;n在自交作物的分离世代,遗传力的分子应为d,在无性系和异质纯合群体时则为g等。

(3)由遗传力预期遗传进度(公式27),一般仅对一次(一代)选择有效。如对选择群体再选择,则必须重新估计该选择群体的p和h。一般的说,g和h都将随选择次数(代数)的增多而减少。直至g0,h0,选择无效,即所谓达到了“育种高原”(breeding plateau)。

(五)分离极限估计 分离极限是一个群体育种潜力的重要标志之一。自交作物的纯系杂交后,从F2代开始(这时F2g2222222211,加性方差随世代的递增而增加,显性方DH)

24差则不断减少。根据(12),可导得Ft比Ft1的加性方差增加量D为:

2t112t21DDt1Dt2Dt1

222Ft代比Ft1代的显性方差减小量H为

2t212t112t13Ht2Ht1Ht1H

444所以,最终的结果必然是产生一系列纯合的重组系(异质纯合群体),趋于以m为中心,以

D为方差的正态分布,即N(m,D)。于是,该群体的分离极限可近似地估计为:

L1m2D,L2m2D (30)

而大于或小于某一指定值Xi的重组系的出现概率则可估计为:

P(u)du和P(u)du

uiui (31)

(31)中的ui(Xim)统计表上查得。

D,为Xi的正态标准离差;P为正态累积函数,可从现成的

ˆ3.0068,Dˆ1.73;应用《世代平均的遗传分析》以表3的茄红素含量为例,已知Dˆ6.68。因而,我们可估计该杂交组合茄红素含量的分离极限为: 一文中的方法可得m

L1L26.68(21.73)3.2210.14(mg/100g)

茄红素含量高于大值亲本(加613)的重组系得出现概率为:

u(8.7116.68)1.731.17

P1.17(u)du11.17(u)du0.1210

茄红素含量低于小值亲本(佛强秘911)的重组系的出现概率为:

u(5.4666.68)1.730.70

P0.70(u)du0.2420

一般的说,出现概率P0.1的重组系是不容易因漂变(drift)而丧失的。因而,在加

613×佛强秘911的分离世代中,选得茄红素含量高于加613的重组系有着现实可能性;但选得低于佛强秘911的可能性要更大。

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