巴楚留香瓜和伽师瓜最大的不同在于果实的颜色，巴楚留香瓜的瓜瓤是绿色的，果肉普遍为绿色，部分为青色、白色或淡白色，而伽师瓜的果皮则为墨绿色有条纹，果肉为黄色的，从这一点上很好辨认。除了果肉不同，它们的产地、外形、功效都有所不同。
巴楚留香瓜与伽师瓜的区别
产地不同：巴楚留香瓜又称库克拜热甜瓜，主要产地在新疆维吾尔自治区巴楚县境内，尤其以阿瓦提镇的最为出名。而伽师瓜的产地在新疆维吾尔自治区伽师县，因伽师而得名。
外形不同：巴楚留香瓜的瓜形为球形、卵形或椭圆形，果皮颜色为青色、绿色或有斑纹。而伽师瓜的外形为椭圆形或卵圆形，外皮为墨绿色，带条纹状。
果肉颜色口感不同：巴楚留香瓜的果肉为绿色，部分果肉为青色、白色或淡黄色，肉质脆或绵软，香甜干脆。而伽师瓜的果肉为黄色，果肉香甜清脆、多汁，且有皮薄肉厚的特点，果肉的含糖量高。
巴楚留香瓜没有农药残留，不用化肥，是名副其实的纯天然绿色无公害水果，吃了不上火，还有润喉的效果，能帮助蛋白质的消化，吃油腻食物的时候可以吃巴楚留香瓜。而伽师瓜是招待嘉宾的珍品，经常吃有清痰止咳、清凉解热、帮助消化、增进食欲、润肤美容的功效，晚餐后食用，还能起到一定安神催眠作用。