会计委派制在实行中存在的问题主要有：
1、对会计委派制缺乏统一认识，执行过程存在抵触现象。
会计委派制牵涉到各地、各部门的利益，因此有些单位领导没有充分认识到会计委派制的重要意义，在执行过程中存在抵触情绪；
2、会计委派制度建设不尽完善，会计人员后续管理尚需加强。
许多地方尚未建立、完善、管理相应的会计委派制管理制度，使会计委派制这种监督机制不能充分发挥作用；
3、会计委派制理论研究不够深入。
试行会计委派制度工作涉及许多亟待研究的理论课题，如委派部门、被委派的会计人员与单位负责人应当怎样划清会计责任等等；
4、相关配套改革措施滞后。
会计委派制需要与其他经济改革措施配套进行，目前难以促进会计委派制进一步发展。